陳水扁國務機要費案
中華民國前總統陳水扁因國務機要費遭檢方密切偵訊搜索，馬英九面對新聞媒體詢問，指出一定會辦到底。陳水扁遭羈押禁見后，馬英九接受廣播電臺專訪，轉而強調尊重司法，并表示對中華民國前總統被收押的感覺是哀矜勿喜，會當做自我警惕的例子。但未發表個人對陳水扁被羈押的看法。
支持度持續下滑
馬英九上任之后，從一開始的油價上漲政策反復、接連的原物料上漲。到股票市場跌價反應了經濟信心不足、消費信心不足與政治信心不足外、接連政見跳票和意圖承認中國大陸學歷，激起民眾對馬英九執行能力的疑慮，造成支持度持續下滑。
兩岸關系需要新思維
2011年5月12日，馬英九在與美國華府智庫“戰略與國際研究中心”(CSIS)進行視頻會議時發表看法時說到：“兩岸政治對話沒有時間表，目前還是以經濟民生議題為主。”“兩岸關系要采取新思維，也就是放棄阻礙兩岸關系發展、過時的單邊主義模式。”馬英九同時強調。
2012選舉
2011年7月2日，中國國民黨第十八次全代會第二次會議正式通過了馬英九和吳敦義搭配參選下屆臺灣地區領導人的提名。馬英九在提名案通過后以候選人身份發表致辭，呼吁黨內團結，共同爭取勝選。他在談及兩岸關系時表示，若獲得連任，將繼續以“九二共識”為基礎，與大陸發展和平與繁榮的互動關系。臺灣地區領導人選舉和臺灣地區“立法委員”選舉，將于2012年1月14日合并舉行。
馬英九 - 個人趣事
童年的志愿： 火車司機、交通警察。
童年的情史：幼稚園，曾暗戀班上一位漂亮小女生。
童年的糗事：偷坐牛車逛街、尿急下車在田埂旁當眾小便。
學生時代最難忘的事：
1. 代表臺灣訪美七十天。
2. 摯友去世。
學生時代最喜歡的科目：文史。
學生時候最不喜歡的科目：化學。
學生時代交過的外國筆友：三個美國人
1.John Baker (男性；律師) 。
2.John Wayne (男性；地理老師) 。
3.Patek (女性；大學生) 。
可擔任大學課程：
1. 國際貿易法。
2. 國際公法。
3. 國際私法。
4. 海洋法。
5. 國際公法專題研究。
6. 航空法。
7. 英文法學名著選讀。
8. 兩岸關係法。
馬英九 - 政治作為
1、75年4-10月參與解除戒嚴之規劃幕僚工作。
2.76年春參與開放組黨及開放集會游行之規劃。
3.76年3月建議開放臺灣居民赴大陸探親并草擬相關辦法。
4.76年7月至77年1月規劃資深中央民代退職方案，反對設置“大陸代表”，推動國會革新。曾接受國內電視臺訪問，在“華視新聞廣場”中大談國會充實方案。78年李登輝公佈《第一屆資深中央民意代表退職條例》，國代張群首先響應，決定退職。
5.全程參與《動員戡亂時期人民團體法》、《動員戡亂時期國安法》、《動員戡亂時期集會游行法》，當時若干部門及人士的意見相當保守，馬英九則對於集會游行的許可、政黨的成立條件，以及國安法中有關入出境、山防、海防的管制，以游行請愿的過來人做出開放性的建言，對政治革新有相當的貢獻。
馬英九 - 馬英九特別費案
事件回顧：2007年2月13日，臺北“地檢署”依“貪污治罪條例”中“利用職務機會詐取財物”將馬英九起訴，前臺北市府秘書余文被依貪污及偽造文書罪起訴。臺北地院8月14日一審宣判馬英九無罪。檢方不服一審判決結果提起上訴。二審10月初開始審理后，經3次開庭，在11月30日辯論終結，于12月28日宣判馬英九無罪。檢方提起上訴。2008年4月24日“最高法院”駁回上訴，維持二審無罪判決。
全案審理大事記：
二00七年二月十三日，檢方偵結。依照起訴書所述，馬英九遭起訴罪名是貪污治罪條例“利用職務機會詐取財物”，認定貪污所得總計新臺幣一千一百一十七萬六千二百余元。前臺北市府秘書余文被查出涉嫌貪污七十六萬元，依貪污及偽造文書罪起訴。此外，廖鯉、李克齊、孫振妮、方惠中、張鈞綸等市府員工，則遭緩起訴處分。
四月三日，臺北法院首度開庭，馬英九以“被告”身份陳述答辯意旨，包括自始認為以領據核銷特別費不是公款，更沒有在檢方訊問中“翻供”。
四月十七日，檢、辯提列證據清單，證人供述證據力檢辯展開攻防。
五月八日，臺北法院合議庭裁定包括法務部門發布咨詢意見書、馬英九在去年九月七日接受中天新聞專訪、九月十八日接受臺北市議員顏圣冠議會答詢內容，以及馬英九辦公室主任廖鯉等證人證詞都具有證據能力。
五月二十二日，臺北法院合議庭裁準檢辯傳喚包括前“行政院”副主計長張哲琛在內十四位證人。
六月五日，張哲琛出庭，檢辯詰問充斥火藥味。公訴檢察官懷疑證人、被告及律師事先套招；律師回應實施預審制度時，檢辯接觸證人，了解證人對待證事實了解到怎樣的程度有其必要。
七月三日，臺北法院傳喚馬英九擔任市長時的三位前后任秘書孫振妮、方惠中、孫麗珠作證。
七月十日，臺北法院傳喚劉靜蓉、吳麗洳與趙小菁三位前后任經手特別費的臺北市政府秘書處出納。其中吳麗洳在回答律師詰問時提及“檢方筆錄未能將她的陳述做完整記載”，因此律師向合議庭要求勘驗檢方訊問光盤。
七月十九日，報載節錄檢方光盤訊問筆錄內容，引發“筆錄制作不實”爭議；檢辯庭外動作互嗆。
七月二十三日，臺北法院合議庭當庭勘驗光盤。對吳麗洳檢方證述筆錄爭議，審判長諭知判決書會交代。
七月二十四日，臺北法院提示相關證卷。包括逐一提示二十九位檢方證人的供述證據、三十六項的非供述證據等。
七月三十一日，臺北法院辯論終結。公訴檢方在論告階段，增列論罪法條，將“公務背信罪”納入，希望合議庭審酌馬英九是否涉及“公務背信罪”，并加重其刑至二分之一。
八月十四日，臺北法院宣判馬英九無罪。
同時因為被依貪污及偽造文書罪起訴的臺北市府秘書余文應執行有期徒刑兩年四個月，減為有期徒刑一年兩個月。
十二月二十八日，臺“高法”二審宣判，判馬英九無罪。余文應執行一年有期徒刑。
二零零八年一月九日，臺灣檢方認為，因本案判決攸關首長特別費性質的認定，未來確定判決的法律見解對偵審同類型案件具有關鍵性的指導作用，宜由“最高法院”就此爭議問題做出統一見解，較能避免同類案件的用法歧異，因此提起上訴。
三月大選揭曉后，“最高法院”書記官長林志斌表示，馬英九特別費案的審理是審判獨立的問題，結果由承審法官自行定奪。
四月二十四日，臺灣“最高法院”召開記者會說明判決結果。臺“最高法院”刑事審判發言人宣布，駁回檢方上訴，馬英九無罪定讞；此外，余文上訴部分也被駁回。