預算管理常見的問題主要有以下幾個方面：
預算制訂
目標制定的不合理，太高達不到，太低沒有激勵性。
各部門編制的計劃比較零散，部門內部和部門之間的計劃缺乏協調性，容易發生公司資源分配的沖突。
預算編制缺乏依據，成本預算沒有按照成本動因進行分解，單純依靠歷史數據和主觀判斷。
預算確定的目標與各負責人員的職責不相匹配。
企業不能根據自身條件選擇適合的預算方法，盲目實施復雜的預算解決方案，無法確認編制訂預算所需的投入，預計投入人力和時間過于漫長。
預算執行常見的問題
預算執行監控：
監督跟蹤不到位，沒有相應的配套措施。
預算中一些費用分攤方法為各管理人員無法控制。
沒有預算作為依據，支出審批時不能區分正常的和例外的支出，高管人員不得不應付大量日常審批事務，審批程序復雜周期長，無法適應復雜多變的環境要求。財務部門在對支出審批上不能起到有效的監督作用。
缺乏相應的預算考核制度。造成企業預算的編制與執行相脫離，重編制、輕執行。預算不能成為企業的“硬約束”，使預算失去其應有的權威性和嚴肅性，部門績效考核缺乏基礎和比較對象。
在分析預算執行情況時，僅將預算值與執行情況進行簡單的比例計算，而沒有對預算差異進行深入的、定量的分析，難以確定預算差異產生的原因，無法把預算執行情況與企業經營狀況有機的聯系在一起。
