(一)土地增值稅實行四級超率累進稅率
1.增值額未超過扣除項目金額50%的部分，稅率為30%。
2.增值額超過扣除項目金額50%，未超過扣除項目金額100%的部分，稅率為40%。
3.增值額超過扣除項目金額100%，未超過扣除項目金額200%的部分，稅率為50%。
4.增值額超過扣除項目金額200%的部分，稅率為60%。
以上每級“增值額未超過扣除項目金額”的比例，均包括本比例數。
(二)計算土地增值稅稅率，可按簡便方法計算，具體公式為
土地增值稅稅額=增值額×適用的稅率-扣除項目金額×速算扣除系數。
速算扣除系數的數值如下;
1.增值額未超過扣除項目金額50%時，速算扣除系數為0.
2.增值額超過扣除項目金額50%，未超過100%時，速算扣除系數為5%。
3.增值額超過扣除項目金額100%，未超過200%時，速算扣除系數為15%。
4.增值額超過扣除金額200%時，速算扣除系數為35%。
二、稽查
在對土地增值稅適用的稅率進行稽查時主要應從兩方面入手：
(一)審查其增值額與扣除項目的數額及相互間的比例關系，以確定其計稅的稅率是否符合規定
這一步驟與以上所進行的對應稅收入和扣除項目的稽查有緊密的聯系，應稅收入與扣除項目的認定不僅直接影響到稅款的計算，還可以影響到稅率的正確選擇。例如，某房地產開發公司轉讓一座住宅樓，取得轉讓收入500萬元，其扣除項目金額為200萬元，已向稅務機關申報繳納土地增值稅120萬元，其計算過程如下：
①增值額=500-200=300(萬元)②增值額÷扣除項目金額=300÷200×100%=150%
③選擇適用稅率50%，速算扣除系數15%。
應交土地增值稅額=300×50%-200×15%=120(萬元)
稅務機關在稽查中發現，該房地產開發公司隱瞞了實物收入150萬元，實際轉讓收入應為650萬元，扣除項目金額確實為200萬元。這樣，實際增值額為450萬元，超過了扣除項目金額的200%，使得適用稅率變為60%，速算扣除系數為35%。
(二)審查確定稅率后的應納稅額的計算是否正確
由于土地增值稅實行的是四級超率累進稅率，計算比較復雜，在實際計算時一般利用速算扣除系數進行計算。在上例中，由于應選擇的適用稅率和速算扣除系數都有了改變，該房地產開發公司計算繳納的土地增值稅款顯然是錯誤的。正確的計算應該是：
應交土地增值稅額=450×60%-200×35%=200(萬元)
