審計的獨立性是審計工作的靈魂，經濟責任審計又對審計獨立性有著特定的要求。眾所周知，審計的獨立性，主要是審計主體的獨立性。而審計主體的獨立性也是由審計主體在審計關系中的地位來確定的，我們在以往的審計獨立性分析中，只從財產所有權與管理權“兩權”分離的角度分析審計關系及其審計主體地位。在“兩權”分離條件下，財產所有者將自己的資產委托其他有管理能力的人管理，財產管理人接受財產所有人委托后，即承擔起了資產受托管理經濟責任。財產所有人為了促使承擔受托經濟責任的財產所有人忠誠、有效地履行其受托責任，委托與財產所有人和財產管理人均無經濟利害關系的“第三人”對財產管理人的受托經濟責任進行監督。
經濟責任審計絕對獨立性，要求審計主體的絕對獨立。而目前我國經濟責任審計相對獨立，審計主體與絕對獨立的審計要求存在著尖銳矛盾。這種矛盾主體表現在：審計委托關系的混亂，難免會將經濟責任審計引向相對獨立的歧途。無論是廠長(經理)離任審計，還是承包經營責任審計，在一些地方都是政府審計、社會審計、內部審計一起上，在任期經濟責任審計中，人們的思維仍未從傳統計劃經濟的定式中解脫出來。一些地方對企業主要負責人進行經濟責任審計，一紙文書，打發給內部審計去審了，實質上這種委托關系的建立缺乏受托經濟責任這種客觀基礎，這種委托是不成立的，有些單位內部審計對企業主要負責人進行經濟責任審計，不可能得出公正客觀的審計結論。
二、審計委托方式方面的矛盾
審計主體與被審計單位的審計關系建立，必須通過審計報告接受人或審計授權人的委托才能建立起來，由于審計關系建立的方式不同，也就出了“組織性委托”和“制度性委托”之分。所謂組織性委托，是指由企業、事業單位或政府機關以經濟組織的身份，采用書面協議或合同的方式，要約審計組織如會計師事務所，根據審計委托的范圍和內容進行審計的一種委托方式。在這種委托方式下，經濟組織可根據自身的需要，確定審計目的、審計對象范圍，確定審計時間，而審計組織必須按照審計協議或審計合同中規定的審計目的、審計對象范圍、審計時間，開展審計查證工作，并根據審計取證的不同情況作出相應類型的審計報告。這種審計委托方式主要是社會審計接受委托的方式。
在實際工作中，經濟責任審計委托組織化傾向是十分明顯的，中共中央辦公廳、國務院辦公廳下發的關于經濟責任審計“兩個暫行規定”中，明確指出了經濟責任審計由組織人事部門、紀檢監察機關向審計機關提出對領導干部進行任期經濟責任審計的委托建議，審計機關依法實施審計。目前，在實際操作中，根據“兩辦”的“兩個暫行規定”由組織人事或紀檢監察部門進行委托，并出具委托書，審計機關根據委托，開展經濟責任審計。在實際工作中，組織人事部門主要工作任務是考核和管理干部，紀檢、監察部門主要工作任務是檢查干部違法違紀行為，對違法違紀黨員干部進行處分，或進行其他組織處理，審計委托方與審計實施方二者工作目標不同，工作性質不同，容易導致審計結果與審計目標偏離。
三、審計覆蓋范圍確定和劃分的矛盾
從政府經濟責任審計覆蓋范圍上看，在我國現行體制下，理論上區分與實踐上區分存在著突出矛盾。從企業單位經濟責任審計覆蓋范圍上看對一個企業經濟責任審計只包括董事長，在實行現代企業制度改革的國有及國有控股企業，因建立內部制約機制的需要而實行董事長和總經理、決策和經營分離的模式，如果只對董事長進行審計，而不對總經理審計，經濟責任審計范圍覆蓋而顯然較小。經濟責任審計覆蓋范圍中所產生的矛盾，將對經濟責任審計整體效果有著重要影響。
在經濟責任審計中，除了存在審計范圍的確定方面的矛盾外，還存在著經濟責任區分難的問題。正確區分領導干部在履行職務過程中的個人責任和集體責任，明確其履行經濟責任行為的性質，是公正、客觀評價領導干部在任期內經濟責任履行情況的基礎，在領導干部任期責任劃分中。一是前任與后任的責任劃分難。二是個人責任與集體責任劃分難。三是直接責任和間接責任劃分難。
四、審計配合機制方面的矛盾
經濟責任審計不是獨立存在的一項活動，它與審計委派人、被審計人等都有著十分緊密的配合關系，從而形成了一個有機的審計配合機制，但是，在實際工作中這種配合機制并不完善，有些方面矛盾十分突出。經濟責任審計配合機制上的矛盾主要表現是：
1.審計主體關系配合的矛盾在實際工作中，審計機關與審計委派人的關系主要是指審計機關與組織人事、紀律檢查等部門的關系。在處理這方面的關系上，一些組織人事部門和紀檢部門不夠嚴肅。
2.審計查證配合的矛盾經濟責任審計查證配合包括被審計單位配合、被審計人本人的配合以及審計機關與其他執法機關的配合。目前，由于對經濟責任審計工作宣傳的力度不夠以及在宣傳上的偏向，使人認為經濟責任審計就是找問題，被審計單位和被審計人本人無論是否有問題，都不愿積極配合審計工作。
