根據《稅務稽查工作規程》第二十二條規定，檢查應當自實施檢查之日起60日內完成;確需延長檢查時間的，應當經稽查局局長批準。這里只規定了確需延長檢查時間的批準程序，并未規定批準延長的次數和最長期限。
從稽查實務來看，不同案件的復雜程度存在很大差異，很難規定明確的檢查時間上限。根據上述稽查規程的表述，只要內部批準延長程序到位，應當都是合法的。
然而，盡管是內部程序，卻產生了外部效應。因為根據稅收征管法及其實施細則的規定，一旦查實稅收違法行為需要補稅的，從稅款所屬期的最后繳納期限一直到實際繳納之日，每日在持續產生萬分之五的滯納金，“年利率”達到18.25%。
因此，在納稅人和稅務機關之間，就容易產生“誰該為稽查期間的滯納金買單”的爭議。對于納稅人來說，希望盡快結案，避免多繳滯納金。其實，稅務機關何嘗不想早日結案，誰也不會因為想“賺”這點滯納金而拖延檢查。
在司法實踐中，法院傾向于認可其合法性。在佛山鑫城房地產有限公司與佛山市順德區國家稅務局稽查局處罰爭議一案[(2015)佛順法行初字第53號]中，納稅人認為稽查局的檢查期間較長，使其無辜多承擔高額滯納金，嚴重損害其合法權益;稅務局則認為，其嚴格按照法定程序進行稅務檢查，超期部分也辦理了延期審批手續且有相關證據證明，因此不存在程序違法。
法院認為，對于稅務檢查的期限，稅收征管法及其實施細則均沒有具體明確的規定與要求，稽查局按照《稅務稽查工作規程》辦理了延長審批，綜合考慮稅務檢查中涉稅事項的復雜程度及納稅人的配合情況等因素，認定稽查局實際檢查期限合理，并不存在違法和故意損害納稅人合法權益的情形。
