會計檔案的管理包括造冊歸檔、制定使用及借閱手續、確定保管期限、嚴格履行銷毀手續等方面。
各單位必須加強對會計檔案管理工作的領導，建立會計檔案的立卷、歸檔、保管、查閱和銷毀等管理制度，保證會計檔案妥善保管、有序存放、方便查閱，嚴防毀損、散失和泄密。
會計檔案的管理工作主要包括以下幾個方面：
1、造冊歸檔
各單位每年形成的會計檔案，應由會計機構按照歸檔要求，負責整理立卷，裝訂成冊，編制會計檔案保管清冊。當年形成的會計檔案，在會計年度終了后，可暫由會計機構保管一年，期滿之后，應當由會計機構編制移交清冊，移交本單位檔案機構統一保管;未設立檔案機構的，應當在會計機構內部指定專人保管。出納人員不得兼管會計檔案。移交本單位檔案機構保管的會計檔案，原則上應當保持原卷冊的封裝。個別需要拆封重新整理的，檔案機構應當會同會計機構和經辦人員共同拆封整理，以分清責任。
2、制定使用及借閱手續
各單位保存的會計檔案不得借出。如有特殊需要，經本單位負責人批準，可以提供查閱或者復制，并辦理登記手續。查閱或者復制會計檔案的人員，嚴禁在會計檔案上涂畫、拆封和抽換。各單位應當建立會計檔案查閱、復制登記制度，應設置“會計檔案查閱登記簿”，用來登記查閱人、查閱日期、查閱理由、歸還日期等。
本單位人員查閱會計檔案，需經過會計主管人員同意;外單位人員查閱會計檔案，要經過單位負責人批準，并出具正式介紹信。
3、遵守保管期限和履行銷毀手續
會計檔案的保管期限分為永久、定期兩類。定期保管期限分為3年、5年、10年、15年、25年五類。會計檔案的保管期限，從會計年度終了后的第一天算起。具體如‚企業和建設單位會計檔案保管期限。
