1.業務本質不同。根據《關聯方之間出售資產等有關會計處理問題暫行規定》，“應付款項劃轉給關聯方”可以看作是關聯方為企業承擔債務，實質上為關聯方對企業的一種捐贈，在劃轉時按會計制度規定處理即可。“債權單位撤銷或其他原因而無法支付”是債權人的一種非法律上的放棄，企業應根據實際情況進行會計處理，必要時可咨詢律師意見作出判斷，也即需要企業作出會計估計，其業務處理的時點具有不確定性。
2.最終結果不同。“應付款項劃轉給關聯方”在劃轉時結果就已經確定，無需支付。而“債權單位撤銷或其他原因而無法支付”則不同，債權人及其相關人并沒有放棄對債權的追索權，比如撤銷單位的股東、破產單位的債權人、死亡債權人的法定遺產繼承人等都有可能在某一時點提出清償要求，也即企業的清償義務并不因為現在的無法支付而消失，具有不確定性。
因為根據《破產法》，企業破產結束后雖然原債權人消失了，但破產單位進行破產清算時除要求債務人提前支付外，也可能出現債務人暫時無法支付的情況（很顯然一般不能讓債務人破產）。另外，由于提前收回款項給對方造成的損失可能很大，甚至大于債權額，直接收回顯然不符合清算單位債權人的利益。破產企業清算組在清算方案中也可以將該債權分配給破產企業的債權人，同樣，被撤銷的單位可以將擁有的債權分配給股東或其所有者。
從時間上看，企業破產清算完結后一年內發現新的原破產財產，由法院按原清算分配比例對原破產企業債權人進行清償，數量較小的收歸國庫所有，不再進行分配清償。對于死亡債權人的法定遺產繼承人而言，根據民事案件訴訟時效的規定，在知情的情況下，其享有追索權的訴訟時效期間為兩年，但在訴訟時效期間的最后六個月內，因不可抗力或其他障礙不能行使追索權的，訴訟時效中止，并從中止時效的原因消除之日起，訴訟時效期間繼續計算。
因此，“債權單位撤銷或其他原因而無法支付”的應付款項在轉入“其他資本公積”明細科目時，應當有確鑿的證據證實確實無法支付。在超過一定的時限情況下，應將暫時無法支付的應付款項轉入“資本公積-接受捐贈非現金資產準備”科目，待到有確鑿的證據證實確實無法支付或在法律上債權人已失去對債權的追索權時，再轉入“其他資本公積”明細科目，用于按規定程序轉增資本（或股本）或彌補虧損。
另外，在實際經營過程中，企業也有可能對在法律上沒有償還義務的原債務出于某種經營上的目的進行清償，比如為重樹企業信用償還原欠供應商的應付款項等。此時也要求將無法支付的應付款項先轉入“資本公積-接受捐贈非現金資產準備”科目，待企業按照一定的內部程序和管理權限確定支付與否時，再決定是否轉入“其他資本公積”明細科目。
