沿海運輸業務，對運輸收入的確認都是在航次結束以后，所以對其核算很簡單，并不需要區分跨年度或不跨年度的運輸收入。遠洋運輸業務發生的運輸收入，在日常核算時應該區分已完航次收入和未完航次收入。對于遠洋運輸業務跨年度形成的未完航次收入，無論是己達收入或是未達收入，應根據權責發生制原則，在會計年末對未完航次收入進行確認。
二。水運收入的科目設置
水運企業應該設置“運輸收入”和“未完航次收入”科目，對已完航次和未完航次的運輸收入分別進行核算。對沿海運輸業務、遠洋運輸已完航次發生的運輸收入，以“運輸收入”項目進行核算，下設“已完航次收入”明細科目，記入“運輸收入—己完航次收入”科目的貸方反映。月份終了時，將己完航次收入轉入“利潤”科目，借記“運輸收入—已完航次收入”科目，貸記“利潤”科目。與運輸收入相關的帳戶有：“應收帳款”、“預收帳款”、“應付帳款”等。為更好的反映未完航次形成的收入，可以單獨設立“未完航次收入”科目，下設各航次的明細帳，對所有未完航次的核算統一采用此帳戶核算。收到帳款或帳單時，以運費額記入“未完航次收入”帳戶貸方;到會計年末，采用完工百分比法核算本年應該確認的未完航次收入，從“未完航次收入”科目中轉到“運輸收入—己完航次收入”中，并結轉入利潤反映;等到航次結束時，將此未完航次收入剩余的收入轉入“運輸收入一己完航次收入”中，并結轉入利潤反映。年末未完航次未完部分的航次收入，則保留在“未完航次收入”科目內，不進行轉帳。
三。水運收入的帳務處理
(一)未完航次收入的處理
運輸業務在不同年度開始并完成，應在會計年末，對未完航次收入按照完工百分比法進行計量，將計量結果以“未完航次收入”進行確認，計入運輸收入中。
1.未完航次未達收入。
對該航次應進行分析：如果該航次運輸收入能夠可靠的估計(以運輸收入確認條件為標準)，則對運輸收入進行估計，且年末按照完工百分比法對未完航次收入進行計量。
借：應收帳款(暫估)
貸：未完航次收入
借：未完航次收入
貸：運輸收入—已完航次收入
如果運輸收入不能可靠的估計，但能補償已發生的成本，則應以發生的運輸成本額進行確認，此時該航次盈虧為零
借：應收帳款
貸：未完航次收入(成本額)
如果不能彌補已發生的運輸成本，則不確認運輸收入，將已發生的成本立即確認為費用。
2.未完航次己達收入。
收到運費帳單，計入“未完航次收入”中反映：
借：應收帳款
貸：未完航次收入
會計年末，根據運費帳單以完工百分比法計算未完航次收入，將已完成部分收入轉入已完航次收入中：
借：未完航次收入
貸：運輸收入一已完航次收入
(二)完成航次收入處理
1.已完航次已達收入。運費帳單先到，航次已完報告后到。在收到運費帳單時：
借：應收帳款
貸：預收帳款
收到航次已完報告時：
借：預收帳款
貸：運輸收入—已完航次收入
當航次已完報告和運費帳單同時到達，或航次己完報告先到而運費帳單后到，待收到運費帳單時：
借：應收帳款
貸：運輸收入一一己完航次收入
2.已完航次未達收入
當航次報告己到，至月末運費帳單仍然未到，應對運輸收入進行估計：
借：應收帳款(暫估)
貸：運輸收入一一已完航次收入
在下月初以紅字憑證沖回，待收到運費帳單后進行處理。
(三)沿海航次運輸收入的會計處理
沿海企業對運輸收入應統一采用航次結束作為運輸收入的確認時點，會計年末并不確認未完航次運輸收入。運輸收入確認時，航次報告己經到達，但是需要根據運費帳單是否到達進行區分。
1.已完已達收入。運費帳單(附運費艙單和貨物提單副本)已經到達。此時，應根據所有憑證，做如下處理：
借：應收帳款
貸：運輸收入
2.未完已達收入。航次尚未結束，運費已經到達(預付運費方式情況下，這種情況大量存在)，需要將運費計入“預收帳款”中，作為一項負債：
借：應收帳款
貸：預收帳款
待航次結束后，對收入進行確認：
借：預收帳款
貸：運輸收
3.已完未達收入。運費帳單(附運費艙單和貨物提單副本)尚未到達。此時，應對運輸收入進行估計：
借：應收帳款(暫估)
貸：運輸收入
在下月初以紅字憑證沖回，待收到運費帳單后進行處理。
根據權責發生制原則和收入制度的規定，對于遠洋運輸業務，應該分清運輸業務在同一年度或是不同年度開始和完成的，對年末產生的未完航次收入應進行確認。
