政府收支分類改革對事業單位財務管理產生的影響包括以下方面：
第一，清除了預算、核算和決算一體化的障礙。預算、核算、決算一體化是公共財政體制下未來政府財務管理的必然趨勢，但長期以來，由于各種制度、體制、管理、技術等原因，政府財政管理、部門內部的預算、核算、決算存在兩張皮現象，導致一系列財務管理的問題。國家目前大力推進的部門預算、國庫集中支付、政府采購等管理改革，已經為預算、核算和決算創造了有利條件，本次政府收支分類改革，可以說是從制度上徹底地消除了預算、核算和決算一體化的障礙，從技術上實現預算、核算和決算一體化成為可能。
第二，有利于實現政府預算收入的完整性。雖然實行部門預算后，事業單位已經實行大收大支的預算體系，但上報人大審批的政府預算一般只包括一般預算收支和政府性基金，實行新的政府收支分類改革將預算外資金和社會保障基金納入政府收入體系，有利事業單位加強非稅收入的管理。
第三，為細化部門預算提供了重要條件。單設支出經濟分類對進一步規范預算管理具有十分重要的意義。改革后的支出經濟分類可以更加全面、明晰地反映支出情況。在編制部門預算時，每一筆支出都同時列在功能支出和經濟支出的框架中，這種三維結構體系可以清楚看出這個部門做了哪些事，錢花在了哪些方面。改革后的功能分類，詳細列舉了“一般公共服務”、“外交”、“國防”、“公共安全”、“教育”、“科學技術”、“文化體育與傳媒”、“社會保障和就業”、“社會保障基金支出”、“醫療衛生”、“環境保護”等科目設置，明確界定了公共支出的職責和供給范圍，剔除了那些市場能夠提供的支出，增加了應由政府負責支出的項目。
第四，有利于提高事業單位會計核算。為適應政府收支分類改革的需要，根據《財政部關于印發政府收支分類改革方案的通知》(財預[2006]13號)，事業單位有關會計核算調整內容如下：在“財政補助收入”科目下設置“基本支出”和“項目支出”二級明細科目，并在二級明細科目下按照《2007年政府收支分類科目》中“支出功能分類科目”的“項”級科目設置明細賬，進行明細核算;在“事業支出”科目下設置“基本支出”和“項目支出”二級明細科目，并在二級明細科目下按照《2007年政府收支分類科目》中“支出經濟分類科目”的“款”級科目設置明細賬，進行明細核算。其他執行行業會計制度的事業單位，按照上述方法進行相應調整，同時，事業單位應設置“財政撥款支出備查簿”，逐筆登記每一項財政撥款支出的具體情況，并反映每個會計期末的財政撥款結余情況。此外新的支出經濟分類新增了基本建設支出，反映各級發展與改革部門集中安排的用于購置固定資產、戰略性和應急性儲備、土地和無形資產以及購建基礎設施、大型修繕所發生的支出;新增其他資本性支出，用于反映非各級發展與改革部門集中安排的用于購置固定資產、戰略性和應急性儲備、土地和無形資產以及購建基礎設施、大型修繕所發生的支出和財政支持企業更新改造所發生的支出，將經常性支出和資本性支出加以區分，這就為建設單位會計賬套并入事業單位會計賬套提供了條件，有利于提高事業單位會計核算，合理統籌安排各項資金，提高資金的使用效益。再者新的政府收支為引進權責發生制在事業單位的非經營性收支核算中的應用提供了基礎。
基于以上分析，事業單位應進一步轉變理念，加強財務管理，引進新的預算編制方法;加強收支預測，建立績效評價體系，提高資金的使用效益;進一步細化預算編制，建立科學合理的預算指標體系;努力提高預算的科學性和可操作性。通過細化預算，將所有的預算指標都核定到具體項目，使大家清楚要辦哪些事，用多少錢，怎么用錢，做到責權利相統一，進一步細化預算執行，按經濟性質分類科目執行，預算執行調整機制的建立。加強對事業單位會計人員的培訓工作，提高管理水平，促使會計人員由注重財務核算管理向提高預算管理水平轉變。
