一是國家投資和專項借款不屬于應稅收入。《企業所得稅法實施條例》規定財政撥款，是指各級政府對納入預算管理的事業單位、社會團體等組織撥付的財政資金，但國務院和國務院財政、稅務主管部門另有規定的除外。對于由財政撥付的國家投資和政府向企業的貸款資金則沒有明確。《通知》指出，企業取得的各類財政性資金，除屬于國家投資和資金使用后要求歸還本金的以外，均應計入企業當年收入總額。國家投資，是指國家以投資者身份投入企業、并按有關規定相應增加企業實收資本（股本）的直接投資。而“資金使用后要求歸還本金”應當是政府借款給企業的行為，付不付息不做明確規定，但本金一定要歸還，這是借款與撥款的根本區別，在這種情況下政府對企業的支持形式可能是低息或者免息。投資與借款具體行為與收入無關，也就不是所得稅應稅收入。
二是國務院批準的專項資金可視為不征稅收入。《通知》指出，對企業取得的由國務院財政、稅務主管部門規定專項用途并經國務院批準的財政性資金，準予作為不征稅收人，在計算應納稅所得額時從收人總額中減除。此項規定是針對政府委托企業代辦某些公益事業的款項，有專門的用途，納稅人應當關注：該類收入必須是國務院財政、稅務主管部門規定專項用途，不能混做他用；批準級別是國務院，地方政府委托代行職能的專項資金不得作為不征稅收入，而應視為應稅收入；在做不征稅收入處理的同時，企業的不征稅收入用于支出所形成的費用，不得在計算應納稅所得額時扣除；企業的不征稅收入用于支出所形成的資產，其計算的折舊、攤銷不得在計算應納稅所得額時扣除。應設立專賬，專款專用，準確核算與之相關的項目，避開不必要的涉稅風險。
三是準確把握“財政性資金”的內涵。《通知》指出，財政性資金是指企業取得的來源于政府及其有關部門的財政補助、補貼、貸款貼息，以及其他各類財政專項資金，包括直接減免的增值稅和即征即退、先征后退、先征后返的各種稅收。但不包括企業按規定取得的出口退稅款。企業取得的各類財政性資金，除投資和借款以外，均應計入企業當年收入總額。為準確把握“財政性資金”的內涵，納稅人應當關注以下方面：企業取得的來源于政府及其有關部門的資金都是財政性資金，不局限于財政撥款的單一形式；直接減免應并入應稅收入的只有增值稅，其他稅種的直接減免不并人應稅收人；即征即退、先征后退、先征后返屬于稅收優惠的具體形式，即由稅務部門先足額征收。然后由稅務部門或財政部門退還已征的全部或部分。只要是享有此類形式優惠的所有稅種，均應計人企業當年收入總額；出口退稅款不并入收入總額，因為出口退稅退的是上一個環節的進項稅，是企業購進貨物負擔的部分，不是本環節實現的稅收；某些地方政府為促進地區經濟發展，采取各種財政補貼等變相“減免稅”形式給予企業優惠，均應計入企業當年收入總額。
四是核定預算的財政補助收入可作為不征稅收入。納入預算管理的事業單位、社會團體，在正常的經費收入之外。也可能收到財政部門或上級部門額外的財政補助收入。關于補助收入，《通知》明確，納入預算管理的事業單位、社會團體等組織按照核定的預算和經費報領關系收到的由財政部門或上級單位撥入的財政補助收入，準予作為不征稅收入，在計算應納稅所得額時從收入總額中減除，但國務院和國務院財政、稅務主管部門另有規定的除外。此類納稅人應當關注，作為不征稅收入的前提是有核定的預算，另外需按經費報領關系取得。如果沒有核定預算，臨時性的撥付則不能視為不征稅收入。
五是“亂收費”的基金和收費不得稅前扣除。政府性基金，是指企業根據法律、行政法規等有關規定，代政府收取的具有專項用途的財政資金。行政事業性收費，是指企業根據法律法規等有關規定，依照國務院規定程序批準，在實施社會公共管理，以及在向公民、法人或者其他組織提供特定公共服務過程中，向特定對象收取并納入財政管理的費用。《通知》指出，企業按照規定繳納的、由國務院或財政部批準設立的政府性基金以及由國務院和省、自治區、直轄市人民政府及其財政、價格主管部門批準設立的行政事業性收費，準予在計算應納稅所得額時扣除。企業繳納的不符合上述審批管理權限設立的基金、收費，不得在計算應納稅所得額時扣除。納稅人需要關注可以稅前扣除的基金、收費的前提，是由國務院或財政部批準設立的政府性基金以及由國務院和省、自治區、直轄市人民政府及其財政、價格主管部門批準設立的行政事業性收費，不符合此類條件的政府性基金和行政事業性收費則不得稅前扣除。納稅人不能認為只要是政府或政府部門收取的就一定可以稅前扣除，應當探究此項基金、收費的審批管理權限，不按審批權限設立的“亂收費”則不能扣除。另外需要注意的是，事業單位因提供服務收取的經營服務性收費不屬于行政事業性收費，不受此項審批權限約束，可以稅前扣除。
六是企業收取的基金、收費應及時上繳財政。《通知》指出，企業收取的各種基金、收費，應計入企業當年收入總額。對企業依照法律、法規及國務院有關規定收取并上繳財政的政府性基金和行政事業性收費，準予作為不征稅收入，于上繳財政的當年在計算應納稅所得額時從收入總額中減除；未上繳財政的部分，不得從收入總額中減除。納稅人應當關注，依照法律、法規及國務院有關規定收取并上繳財政的政府性基金和行政事業性收費應當先計人當年收入總額，然后依據上繳財政的有關劃解憑證作為不征稅收人從收人總額中減除。如果沒有上繳財政，則不得從收入總額中扣減，納稅人應做到及時劃解代收的基金、收費，及時從收入總額中扣減，避免不必要的稅收負擔。
