新制度增設了“非流動資產基金”科目。取得無形資產時，借記“無形資產”科目，貸記“非流動資產基金—— —無形資產”科目;在處置、轉讓、捐贈無形資產時，沖減“非流動資產基金—— —無形資產”科目。從而使“非流動資產基金—— —無形資產”科目與“無形資產”科目的凈額相對應，既能將學校為取得的無形資產而付出的資金確認為支出，又能反映學校無形資產占用資金的情況。
新制度增加了無形資產后續支出的管理，明確規定“為增加無形資產的使用效能而發生的后續支出”允許計入無形資產賬面價值。這一舉措有助于學校重視無形資產的后續管理，有利于無形資產的保值增值。
新制度增設“待處置資產損溢”科目，作為無形資產處置期間的過渡賬戶，使處置的無形資產及時體現，能夠有效控制在處置期間的資產虛增或者虛減。
無形資產增加的核算
中小學校的無形資產增加方式有外購、委托開發、接受捐贈、無償調入等。中小學校外購的無形資產的成本，按其發生的實際支出，包括買價、相關稅費以及歸屬于該項無形資產達到預定使用狀態所發生的其他支出等作為實際成本入賬。學校收到無形資產時，借記“無形資產”科目，貸記“非流動資產基金—— —無形資產”科目;同時，按照實際支付金額，借記“事業支出”等科目，貸記“銀行存款”等科目。
中小學校委托軟件公司開發軟件視同外購無形資產進行處理。支付軟件開發費時，按照實際支付金額，借記“事業支出”等科目，貸記“銀行存款”等科目。軟件開發完成交付使用時，按照軟件開發費總額，借記“無形資產”科目，貸記“非流動資產基金—— —無形資產”科目。
接受捐贈、無償調入的無形資產，其成本按照有關憑據注明的金額加上相關稅費等確定;沒有相關憑據的，其成本比照同類或類似無形資產的市場價格加上相關稅費等確定;沒有相關憑據、同類或類似無形資產的市場價格也無法可靠取得的，該資產按照名義金額入賬。學校收到無形資產時，借記 “無形資產”科目，貸記“非流動資產基金—— —無形資產”科目;按照發生的相關稅費等，借記“其他支出”科目，貸記“銀行存款”等科目。
無形資產運行期間的核算
無形資產的攤銷的核算。新的《中小學校會計制度》指出：有條件的中小學校應當設置無形資產攤銷輔助賬，登記無形資產原價、當期應計提攤銷及累計攤銷等情況。但新制度沒有對如何攤銷作出規定，筆者認為有條件的中小學校可以參照新事業單位會計制度的規定進行攤銷：攤銷期限為有合同年限的無形資產，按合同年限攤銷，沒有合同年限的無形資產，按法律年限攤銷;有合同期限和法律期限的按孰短攤銷，兩者均沒有的按不低于10年攤銷。攤銷方法可采用平均年限法。攤銷時，按當月末無形資產賬面余額攤銷，即當月增加的無形資產當月攤銷，當月減少的無形資產當月不再攤銷，按照應計提攤銷金額，借記“非流動資產基金—— —無形資產”科目，貸記“累計攤銷”科目。
無形資產后續計量的核算
無形資產后續支出是指為增加無形資產的使用效能而發生的后續支出和為維護無形資產的正常使用而發生的后續支出等兩項內容。其中，前者應增加無形資產價值，發生時借記“無形資產”科目，貸記“非流動資產基金—— —無形資產”科目;同時，借記“事業支出”等科目，貸記“銀行存款”等科目。后者不增加無形資產價值，而應當計入當期支出但不計入無形資產成本。發生時直接借記“事業支出”等科目，貸記“銀行存款”等科目。
無形資產減少的核算
轉讓、無償調出、對外捐贈無形資產。中小學校轉讓、無償調出、對外捐贈無形資產必須報經批準，批準同意后，將“轉讓、無償調出、對外捐贈的無形資產”轉入待處置資產，按照待處置無形資產的賬面余額，借記“待處置資產損溢”科目，貸記“無形資產”科目。實際轉讓、調出、捐出時，按照處置無形資產的賬面余額，借記“非流動資產基金—— —無形資產”科目，貸記“待處置資產損溢”科目。轉讓無形資產取得的收入，借記“庫存現金”“銀行存款”等科目，貸記“待處置資產損溢—— —處置凈收入”科目;轉讓無形資產發生的相關稅費等支出，借記“待處置資產損溢—— —處置凈收入”科目，借記“庫存現金”“銀行存款”等科目。隨后把“待處置資產損溢—— —處置凈收入”科目余額轉入“應繳財政專戶”科目，借記“待處置資產損溢—— —處置凈收入”，貸記“應繳財政專戶”科目。最后把“應繳財政專戶”科目余額上繳財政專戶，借記“應繳財政專戶”，貸記“銀行存款”等科目。
無形資產的核銷。無形資產的核銷是指該無形資產預期不能為中小學校帶來服務潛力或經濟利益，報經批準后將其賬面余額予以注銷。核銷前先轉入“待處置資產損溢”科目，按照待核銷無形資產的賬面余額，借記“待處置資產損溢”科目，貸記“無形資產”科目。報經批準予以核銷時，按照核銷無形資產對應的非流動資產基金，借記“非流動資產基金—— —無形資產”科目，貸記“待處置資產損溢”科目。