1、伸入質譜腔中的長度不適當，太長或太短都不行。
2、墊圈要松緊合適，太松會有漏氣的隱患，太緊則會壓碎墊圈
清洗離子源時打開腔體后密封不嚴：
門上的密封圈(島津的是門，安捷倫的是蓋)上只要沾了一點點肉眼無法察覺的毛發或絨線就會引起漏氣。這時一般操作書上要求的都是戴上尼龍手套清潔，但這對于處理離子源時是很重要的，但是對于處理密封圈來說，不戴手套的效果更好。原因是手上多少會有一些油脂，只要沿著密封圈抹上一圈，可以有效地消除絨線的影響。而這些油脂離加熱源遠，和離子源也遠，基本屬大分子有機物，對于檢測沒有影響。平時操作質譜時，要對在通氣和不通氣的情況下，多長時間真空度能達到多少有一個大致的數值概念標準。如果換柱或清洗離子源后，抽真空速率比平時差距太遠，就要先考慮是否是安裝不當漏氣的問題，早些降溫關機處理。溶劑延遲是其它氣相檢測器沒有的概念，如果忘記設置合理的溶劑延遲時間，會對燈絲造成嚴重的損害，這是質譜初學者常犯的錯誤。另一個可能造成嚴重后果的行為是：沒有等溫度降到室溫就急著拆機拆離子源，曾經發生過在熱的時候拆機，冷了以后裝不回去的案例。在實驗狀態方面，主要還是污染問題。進樣口和柱污染的處理和普通氣相一致，至于質譜檢測器，一般來說，80%以上的污染是在離子源部分。我們需要對調諧后的電壓時常注意，升高到一定程度就要考慮是否要清洗離子源了，而四極桿部分一般不用動，最好也不要由用戶動。氣質聯用的日常保養容易忽視的是機械泵的保養，主要是換機油和分子篩。
