會計準則規定，存貨發生盤虧和損毀，應按其成本轉入“待處理財產損溢-待處理流動資產損溢”科目。期末再根據造成的原因分別按以下情況進行處理：
1.屬于自然損耗產生的定額內損耗，計入管理費用；
2.屬于計量收發差錯和管理不善等原因造成的，應先扣除殘料價值與可以收回的保險賠償和過失人的賠償，然后將凈損失計入管理費用。
3.屬于自然災害或意外事故等非常原因造成的存貨毀損，應先扣除殘料價值與可以收回的保險賠償和過失人的賠償，然后將凈損失計入營業外支出。
稅收政策對非正常損失所涉及的進項稅額，按照《》規定應作進項稅額轉出處理。在企業所得稅申報時，轉出的增值稅進項稅額及非正常損失一起可按《》規定，扣除責任人賠償后的余額部分，經稅務機關審批認定為財產損失，允許在所得稅前扣除。
下面舉例說明存貨“非正常損失”的會計處理：
例：某公司為增值稅一般納稅人，適用增值稅稅率17%，某月末在財產清查中發現，庫存原材料短缺10000元，經查短缺的原材料不含運費，是由于倉庫管理員管理不善造成，經公司領導批示，應由倉庫管理員賠償4000元。
非正常損失原材料所涉及的進項稅額=10000×17%=1700（元），應作進項稅額轉出。按照企業會計制度規定，盤虧的存貨，扣除責任人賠償后的余額部分，然后將凈損失計入管理費用。
會計分錄如下：
借:待處理財產損益——待處理流動資產損益11700
貸:原材料10000
應交稅費——應交增值稅（進項稅額轉出）1700
借:管理費用7700
其他應收款--***4000
貸:待處理財產損益——待處理流動資產損益11700
如果該公司上述短缺的原材料中含分攤的運輸費用1000元，經查是由于被盜引起的，保險公司賠償5000元。
非正常損失原材料所涉及的進項稅額由兩部分組成：
(1)原材料價格進項(10000-1000)×17%=1530元，
(2)運輸費進項1000÷（1-7%）×7%=72.27（元），
應作進項稅額轉出的進項為1602.27元。按照上述規定會計分錄如下：
借:待處理財產損益——待處理流動資產損益11602.27
貸:原材料10000
應交稅費——應交增值稅（進項稅額轉出）1602.27
借:管理費用6602.27
其他應收款——保險公司5000
貸:待處理財產損益——待處理流動資產損益11602.27
假若上述公司是由于遭受自然災害，毀損庫存產品10000元，產成品成本中外購項目金額比例為70%。
非正常損失為產成品、在產品時，應作進項稅額轉出的是產成品成本中外購項目的進項稅額，故進項稅額轉出為:10000×70%×17%=1190（元）。按照企業會計制度規定，屬于自然災害或意外事故造成的存貨毀損，將凈損失計入營業外支出。
借:待處理財產損益——待處理流動資產損益11190
貸:庫存商品10000
應交稅費——應交增值稅（進項稅額轉出）1190
借:營業外支出11190
貸:待處理財產損益——待處理流動資產損益11190
又假若上例中毀損庫存產品10000元清理后作價出售，取得不含稅收入3000元。毀損庫存產品進項為1190元。
該毀損庫存產品實際損失情況（不含清理收入）為：（10000－3000）=7000（元），應轉出進項稅額為：7000*70%*17%=833（元），剩余可以抵扣的進項稅額為1190-833＝357（元）。3000元清理收入應繳納增值稅為：3000×17%－357＝153元（此為產品增值部分應交的稅額3000*30%*17%=153元）。
會計處理如下：
發生損失進入清理時：
借:待處理財產損益——待處理流動資產損益7000
貸:庫存商品7000
進項稅金轉出時（轉出部分進項）：
借:待處理財產損益——待處理流動資產損益833
貸:應交稅金——應交增值稅（進項稅額轉出）833
取得清理收入時：
借:銀行存款3510元，
貸:待處理財產損益——待處理流動資產損益3000
應交稅金——應交增值稅（銷項稅額）510
結轉損失至營業外支出時：
借:營業外支出4833
貸:待處理財產損益——待處理流動資產損益4833
由此可見，企業毀損存貨存在增值或者加價銷售的情況，在轉出進項稅金時，應該按成本價計算未損失部分，并據此計算應轉出稅金金額。如果毀損存貨發生損失后取得的不加價清理變價收入，則不產生稅收，這也是符合增值稅征稅原理的。
